También el siglo XIX comienza con una guerra, pero en esta ocasión será una guerra total: la guerra con los franceses y su presencia en nuestra comarca se prolonga casi cinco años, con pérdidas y recuperaciones sucesivas del territorio. A pesar del cordón defensivo denominado “ Cordón de Samper de Calanda”,en enero de 1809, los franceses entran en Alcañiz al mando de las tropas del general Wattier. Saqueos y destrucciones serían las secuelas de esta toma. Las tropas españolas recuperan el Bajo Aragón el 18 de mayo. Días después, la cuidad vuelve a ser atacada por los franceses, defendiéndose heroicamente en el monte de Pueyos, que dará nombre a la célebre batalla del 23 de mayo de 1809. Al mes siguiente, los franceses tomarán de nuevo Alcañiz, Caspe y Calanda hasta 1813, cuando se libera Zaragoza y prácticamente todo Aragón.

Pasados los primeros momentos de saqueos y destrucciones, los invasores intentan reorganizar la vida política, la administración y la economía. Por un decreto del mariscal Souchet de 1812, se asigna a Alcañiz rango provincial. Por el hecho de estar ocupado, Alcañiz no pudo tener representación en la Junta Superior de Aragón.

La primera guerra carlista (1833-1840) afectó de manera muy destacada a la comarca, y también, en menor medida, la insurrección carlista de 1872-73. Alcañiz dio destacados militares en las filas de los sublevados. Joaquín Capapé “ el Royo”, y Manuel Carnicer entre otros. El carlismo será, en lo esencial una rebeldía campesina y en Alcañiz vivía ya un activo núcleo de pequeños burgueses, funcionarios y artesanos más afines al liberalismo, el juntismo y el permanente resurgir del carlismo serán los fenómenos políticos que marcan la segunda mitad del siglo XIX.